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Title: Análisis topológico de De Bruijn Graphs generados a partir de datos metagenómicos
Authors: Riofrío Calderón, Guido Eduardo Puchaicela Huaca, Luis Patricio
Ojeda Poma, Freddy Fernando
Keywords: Base de datos
Metagenómica – Estudio
Big Data
Bruijn Graphs – Uso
Meta genómicas del suelo
Ingeniero en electrónica y telecomunicaciones -Tesis y disertaciones académicas
Issue Date: 2016
Citation: Ojeda Poma, Freddy Fernando. (2016). Análisis topológico de De Bruijn Graphs generados a partir de datos metagenómicos. (Trabajo de Titulación de Ingeniero en Sistemas Informáticos y Computación). UTPL, Loja..
Abstract: The study of metagenomics, with the use of new generation sequencing technologies(NGS), has allowed to the human being to be able to sequence a large number of genomes in a very short time. The amount of information is so great that more and more frequently the term Big Data is used to refer to the information, which is ready in the databases to be analyzed. However, there are several problems to analyze this data at an appropriate pace, which have become in computational challenges nowadays. The problems might be sorted in two specific kinds, the lack of programs for analysis,and perhaps most importantly the lack of training of staff in the analysis and interpretation of genomic data. Then, the use of the De Bruijn Graphs for Genomic Assembly will allow us to analyze the topological properties of the graphs, depending on the phylogenetic relationships of microbial species found in metagenomic samples of soil.
Description: El estudio de la metagenómica con el uso de las tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS) han permitido la secuenciación de un gran número de genomas en muy poco tiempo La cantidad de información es tan grande que cada vez se usa con más frecuencia el término Big data para referirnos a la información que está en bases de datos lista para ser analizada. Existen varios problemas para que estos datos sean analizados a un ritmo adecuado, se presentan retos computacionales, falta de programas de análisis y tal vez lo más importante la falta de formación de personal en el análisis e interpretación de datos genómicos. El uso de los De Bruijn Graphs para el ensamblaje genómico nos permitirá analizar las propiedades topológicas de los De Bruijn Graphs en dependencia de las relaciones filogenéticas de las especies microbianas presentes en muestras metagenómicas del suelo.
URI: http://dspace.utpl.edu.ec/handle/123456789/14216
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