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http://dspace.utpl.edu.ec/handle/123456789/31160| Título : | Caracterización genómica de factores de virulencia y mecanismos de resistencia en cepas de Escherichia coli productora de Toxina Shiga; aisladas de leche y vegetales de venta libre listos para consumo en la ciudad de Loja |
| Autor : | Toledo Barrigas, Zorayda Patricia Alejandro Paspuezan, Ronny Ricardo |
| Palabras clave : | Ecuador. Tesis digital. |
| Fecha de publicación : | 2022 |
| Citación : | Alejandro Paspuezan, R. R. Toledo Barrigas, Z. P. (2022) Caracterización genómica de factores de virulencia y mecanismos de resistencia en cepas de Escherichia coli productora de Toxina Shiga; aisladas de leche y vegetales de venta libre listos para consumo en la ciudad de Loja [Tesis de Posgrado, Universidad Técnica Particular de Loja]. Repositorio Institucional. https://dspace.utpl.edu.ec/handle/123456789/31160 |
| Resumen : | Abstract:Foodborne diseases (FBD) usually occur by ingestion of contaminated food with pathogens or toxins frequently found in fresh vegetables or fruits, meat and dairy products without cooking or pasteurization. The strains used for this study come from milk and vegetables sold freely in the city of Loja, in which the whole genome sequencing (WGS) was performed using the Illumina Miseq platform, in addition, genomic characterization using a bioinformatics workflow of free use available in Galaxy-Sciensano, the results show two Escherichia coli genomes, STEC_003 with 4. 778,148 bp, 50% G/C, ST-10 (associated with extraintestinal infections in humans and birds); Serotype O-unknown:H40 (no known association); and STEC_007 with 4,903,258 bp, 51% G/C, ST-164 (associated with water sources contaminated with fecal material from pigs); Serotype O117:H42 (no known association). In addition, frequent virulence factors were found in pathogenic E. coli strains such as Iss; sitA; terC; cdtB; FyuA; irp2; ompT; traT genes; resistance mechanisms to different agents such as mdfA; sitABCD and IncFIA; IncFIB; IncFII plasmids. |
| Descripción : | Resumen:Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETAS) suelen ocurrir por ingestión de alimentos contaminados con patógenos o toxinas frecuentes en verduras o frutas frescas, productos cárnicos y lácteos sin cocción o pasteurización. Las cepas utilizadas para este estudio provienen de leche y vegetales de venta libre en la ciudad de Loja, en las cuales se realizó la secuenciación de genoma completo (WGS) mediante la plataforma Illumina Miseq, además, la caracterización genómica usando un flujo de trabajo bioinformático de uso libre disponible en Galaxy-Sciensano, los resultados indican dos genomas de Escherichia coli, STEC_003 con 4.778.148 pb, 50% G/C, ST-10 (asociada a infecciones extraintestinales en humanos y aves); serotipo O-desconocido:H40 (sin asociación conocida); y STEC_007 con 4.903.258 pb, 51% G/C, ST-164 (asociada a fuentes de agua contaminada con material fecal de cerdos); serotipo O117:H42 (sin asociación conocida). Además, se encontraron factores de virulencia frecuentes en cepas patógenas de E. coli como los genes Iss; sitA; terC; cdtB; FyuA; irp2; ompT; traT; mecanismos de resistencia a diferentes agentes como mdfA; sitABCD_1 y plásmidos IncFIA; IncFIB; IncFII. |
| URI : | https://bibliotecautpl.utpl.edu.ec/cgi-bin/abnetclwo?ACC=DOSEARCH&xsqf99=130639.TITN. |
| Aparece en las colecciones: | Maestría en Análisis Biológico y Diagnóstico de Laboratorio |
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